A continuació parlarem de la seqüència d'etapes i períodes constructius i de ruïna que han deixat tesimoni en l'edifici deixant de banda els autors que duguéren a terme les restauracions ja que l'objectiu és donar a conèixer els esdeveniments que ha viscut San Pedro de la Nave per entendre com i per què ens ha arribat així com la veim ara.
Primer de tot, cal dir que aquesta esgésia va reutilitzar materials en les parts més antigues dels murs, però quasi no té importància, són més notables, les esteles d'època romana en el seu moment integrades en la construcció, ara, després de les restauracions ja no trobam cap. Un altre element anterior a la construcció de l'edifici és un forat obert en un sillar que es troba darrera el fust de la columna sud de l'arc de l'entrada a l'àbsis, un lloc inaccessible després de la col·locació d'aquesta.
Primer període (sVII)
És tracta de la construcció de l'edifici primitiu, la major part del que conservam pertany a aquesta fase i es troba respartida al llarg i ample de l'edifici, la unitat d'aquesta fase, confirma que l'actual planta de l'església pertany a la original.
El material dominant dels murs d'aquesta fase és arenisca fina i vermellosa, tot i que també trobam de sillars de granit emprats simètricament per funcions de major resistència i erosió. També trobam marbre, en els fusts i les bases de les columnes del creuer i l'àbsis (aquestes sense base). El tall de la pedra, en els costats visibles, té marques en forma de ventall per l'eina de destral i es pensa que també té marques de cincell. D'aquesta manera, el sillars estan molt bé retallats i esquadrats i són uniformes entre ells. Per una altra banda, hi ha blocs grossos que poden mesurar entre 1'4m i 1'6m de llargària. Els murs són de doble full i sense una part central. La cohesió de les fulles dels murs s'aconsegueix amb sillars de fermat i grapes de fusta.
Uns altres recursos són els sillars de tall adovellat amb funció de llinda de descàrrega damunt els intradós de tots els arcs, en els cantons, la presència de sillars doblegats, de planta en "L" retallats en un sol sillar. En les portes de les cambres i en les que donen pas desde la porxada al transepte, trobam arcs peraltats també d'aquesta etapa, igual que una sèrie de forats dels brancals de les portes.
En quant a les "finestres", es conserven un gran número en els murs més antigs, pot se han estat retocades o parcialment refetes, per exemple, les tres de l'àbsis o per il·luminar el transepte desde les porxades. Els vans de les sis finestres exteriors de les habitacions són rectangulars en l'exterior i rematades en mig punt a l'inferior per aprofitar la llum, a l'aula, existien al menys tres finestres laterals en forma de tronera i una parella atrompetat, però per trobarse molt retocades no és possible saber com és tancaben, de la mateixa manera que el tall fet a l'intradós de la finestra est de l'àbsis, per lo net i curiós, en contrast amb la rudesa dels fets en les finestres nord i sud, fa pensar en la seva possible antiguitat, tot i que no es pot justificar la seva realització en aquest període.
A aquesta fase, pertany tot l'aparell escultòric de l'edifici, el qual, quan fou necessari, sacrificà part de la seva integritat per ajustar-se a la construcció, per exemple, al trasllat, on la peça oriental del fris que recor el mur sud de l'àbsis, ocultava part de la seva decoració perquè es troba amb el mur que tanca la capçalera. Com a detall, el sillar en el que està inscrit el "horologio" és indudable que fou posat allà en aquesta fase constructiva..
Segon període (sVIII)
L'edifici, possiblement just fou acabat i sofrí una fort ruïna per un impropi de l'abovedat, de manera que la seva aula, desde el creuer fins l'hastial, colapsà fortment, la inclinació del mur oest del transepte obrí els arcs nord i sud i del cimborri i provocà l'enfonsament de les seves bòvedes.
La recuperació dels arcs no presenta les mateixes característiques per lo que sabem amb certesa que foren reparats després del desastre en les arqueries de la nau central i això permet assegurar que el gruix de l'aula i el cimborri, caigueren en aquell moment i que lo altre, va sobreviure.
Tercer Període (s IX)
Després de la ruïna, es reparàren les parts malfetes, entre les quals, amb tota certesa es troba la zona més baixa les arqueries de la nau central, la tècnica emprada per reparar els pilars és idèntica a la emprada en el primer període, però s'ha comprovat que pertanyen a aquest període perquè s'ha observat que el pilar s'adossà a un mur inclinat i per la qual cosa fou necessari tallar amb la mateixa inclinació aquella cara dels sillars.
A més, la lectura estatigràfica i la observació sobre el mode constructiu asseguren que les parts inferiors de les tres pilastres de les arqueries, ilcuint sempre com a mínim els dos primers sillars a partir del sòl, pertanyeren al tercer període, tot i que no és d'absoluta certesa.
Quart període (X)
Una nova ruïna afecta de nou a bona part de l'àrea basilical, les pilastres oriental i central de les dues arqueries quedaren senceres. Els arcs central i occidental s'arruinaren completament i l'oriental conservà pocs elements com la primera dovela oriental. També s'evidencia una altra ruïna que afecta als murs exteriors de l'habitació nord i que hem incluit tot i que res demostri cap relació entre tots dos desastres. En el primer cas, fou fàcil trobar l'explicació per la precarietat de les estructures de la zona, en canvi, en el segon cas, no ha estat possible trobar una rsposta, més encara si tenim compte que en l'interior de l'habitació no apareix cap rsta de colapse a la bòveda.
Quint període (entre el s XI i XIII)
Correspon amb la restaruació d'època plenomedieval, les reparacions que seguiren la anterior ruïna, per la nau central i els murs de les naus laterals, tingueren com a conseqüència un canvi en la fisonomia de l'espai. Reutilitzant la silleria anterior, unes vegades sense retocar i altres retallant-la, es fan fileres molt irregulars i poc precises. De les arqueries de separació de les naus binñes es restauraren els arcs centrals, dels que ens ha arribat molt poc; i es reforçà també amb sillars, els vans laterals fent-los més massissos per les continues ruïnes, uqedant únicament practicable el va central, que es tancà, en aquest o un altre període posterior, amb portes de fusta en l'arqueria sud. D'aquesta manera, s'independitzaren les naus laterals, quedant com a noves amb auna nova funcionalitat.
Els murs de les naus laterals, també son separats amb la mateixa tècnica constructiva i les finestres originals obertes en aquests murs, tres a cada costat, a pesar de estar perdudes en major o menor mesura, seguiren ocupant el mateix lloc i tenint similars dimensions, amb la mateixa tècnica i material es reconstruiren els murs de l'habitació nord.
L'element que ens serveix per enquadrar d'un mode relatiu i molt genèric aquesta fase són uns canecillos d'època románica reaprofitats en un moment posterior, en el període set.
Sisè període
La darrera ruïna que s'ha pogut documentar afecta a les estructures compreses entre el creuer i l'hastial, els murs de la nau central i laterals colapsaren de nou tot i que no de la mateixa manera que abans.
Setè període
Els materials emprats en aquesta reconstrucció són el granit, retallat amb sillars mal esquadrats i heterogènis en tamany, la pissarra, en forma de làmines estretes i allargades. Aquest segon material, fou emprat per aixecar els murs de la nau central a exvepció de les finestres obertes en el costat sud, confeccionats a base de sillars, alguns d'arenisca reaprofitats i altres de granit.
A l'exterior, la cornisa es recolzava en una sèrie de "canecillos", alguns aprofitats de l'etapa prèvia i altres, de granit a mb la forma i talla molt grotesca, la presentcia de l'arc apuntat i les finestres ens permet datar aquest període com a tardomedieval.
A través de les anigues fotografies i pel tipus de material emprat, hem trobat proves d'aquesta fase.
Finalment, cal dir que les actuacions que reestructuraren l'església en aquesta època han desaparegut amb el trasllat quan fou desmontada, per sort, aquestes dades ajuden a fer una adequada descripció de l'edifici i conèixer com fou en un moment determinat així com per conèixer la història del monument.
CABALLERO ZOREDA, Luis; ACRE, Fernando. La iglesia de San Pedro de la Nave (Zamora). Arqueología y arquitectura. AEspA,1997, págs 221-274
Digital CSIC